دوره 31، شماره 261: هفته سوم دی ماه 1392:1876-1884

بررسی مقایسه‌ای کارایی روش جدید تکثیر هم دمایی به واسطه‌ی حلقه و روش‌های متداول تشخیص هپاتیت C

محمد کارگر, اعظم عسکری, عباس دوستی, صادق قربانی دالینی

چکیده


مقدمه: ویروس هپاتیت C یکی از عوامل اصلی بیماری‌های مزمن کبدی و یکی از مشکلات مهم بهداشت جهانی است. بنابراین تشخیص سریع و مدیریت صحیح آن اهمیت قابل توجهی دارد. این پژوهش با هدف مقایسه‌ی کارایی 3 روش ELISA (Enzyme-linked immunosorbent assay)، Nested PCR (Nested polymerase chain reaction) و LAMP (Loop-mediated isothermal amplification) برای تشخیص عفونت هپاتیت C انجام شد.

روش‌ها: این پژوهش به صورت مقایسه‌ای بر روی 50 نمونه‌ی سرم مشکوک به ویروس هپاتیت C در استان چهارمحال و بختیاری انجام شد. HCV Ab با استفاده از روش ELISA و RNA ژنومی با روش‌های Nested PCR و LAMP مورد ارزیابی قرار گرفتند. سپس کارایی روش‌های ELISA و LAMP در مقایسه با روش Nested PCR ارزیابی شد.

یافته‌ها: از مجموع نمونه‌های مورد بررسی، 45 نمونه (90 درصد) با هر دو روش Nested PCR و LAMP از نظر HCV (Hepatitis C virus) مثبت بودند. تمامی نمونه‌های مورد بررسی (100 درصد) با روش ELISA مثبت شناسایی شدند، اما میزان مثبت کاذب آن 10 درصد (5 مورد) بود. همچنین کارایی روش‌های LAMP و ELISA در مقایسه با Nested PCR به ترتیب 100 و 91 درصد محاسبه گردید.

نتیجه‌گیری: نتایج این پژوهش نشان داد که روش LAMP به دلیل کارایی، سرعت بسیار زیاد و هزینه‌ی کمتر، می‌تواند به عنوان یک روش سریع جایگزین برای تشخیص عفونت هپاتیت C به کار رود.


واژگان کلیدی


ویروس هپاتییت C؛ ELISA؛ Nested PCR؛ LAMP

تمام متن:

PDF

مراجع


Brass V, Moradpour D, Blum HE. Molecular virology of hepatitis C virus (HCV): 2006 update. Int J Med Sci 2006; 3(2): 29-34.

Sy T, Jamal MM. Epidemiology of hepatitis C virus (HCV) infection. Int J Med Sci 2006; 3(2): 41-6.

Pawlotsky JM, Prescott L, Simmonds P, Pellet C, Laurent-Puig P, Labonne C, et al. Serological determination of hepatitis C virus genotype: comparison with a standardized genotyping assay. J Clin Microbiol 1997; 35(7): 1734-9.

Pawlotsky JM. Molecular diagnosis of viral hepatitis. Gastroenterology 2002; 122(6): 1554-68.

Pawlotsky JM, Bouvier-Alias M, Hezode C, Darthuy F, Remire J, Dhumeaux D. Standardization of hepatitis C virus RNA quantification. Hepatology 2000; 32(3): 654-9.

Chevaliez S, Pawlotsky JM. Hepatitis C virus serologic and virologic tests and clinical diagnosis of HCV-related liver disease. Int J Med Sci 2006; 3(2): 35-40.

Glynn SA, Wright DJ, Kleinman SH, Hirschkorn D, Tu Y, Heldebrant C, et al. Dynamics of viremia in early hepatitis C virus infection. Transfusion 2005; 45(6): 994-1002.

Pawlotsky JM. Use and interpretation of virological tests for hepatitis C. Hepatology 2002; 36(5 Suppl 1): S65-S73.

Wong T, Lee SS. Hepatitis C: a review for primary care physicians. CMAJ 2006; 174(5): 649-59.

Notomi T, Okayama H, Masubuchi H, Yonekawa T, Watanabe K, Amino N, et al. Loop-mediated isothermal amplification of DNA. Nucleic Acids Res 2000; 28(12): E63.

Askari A, Kargar M, Ghorbani-Dalini S, Doosti A. Loop-mediated isothermal amplification: Rapid and cost-effective method for detection of pathogens. Journal of Microbial World 2012; 5(1-2): 7-22. [In Persian].

Parida M, Sannarangaiah S, Dash PK, Rao PV, Morita K. Loop mediated isothermal amplification (LAMP): a new generation of innovative gene amplification technique; perspectives in clinical diagnosis of infectious diseases. Rev Med Virol 2008; 18(6): 407-21.

Mori N, Motegi Y, Shimamura Y, Ezaki T, Natsumeda T, Yonekawa T, et al. Development of a new method for diagnosis of rubella virus infection by reverse transcription-loop-mediated isothermal amplification. J Clin Microbiol 2006; 44(9): 3268-73.

Ihira M, Sugiyama H, Enomoto Y, Higashimoto Y, Sugata K, Asano Y, et al. Direct detection of human herpesvirus 6 DNA in serum by variant specific loop-mediated isothermal amplification in hematopoietic stem cell transplant recipients. J Virol Methods 2010; 167(1): 103-6.

Eiken Chemical Co. L. Eiken genome site [Online]. [cited 2005]; Available from: URL: http://loopamp.eiken.co.jp/e/lamp/

Nagamine K, Hase T, Notomi T. Accelerated reaction by loop-mediated isothermal amplification using loop primers. Mol Cell Probes 2002; 16(3): 223-9.

Kazemi B, Tafvizi F, Bandehpour M. Determination of HCV Genotypes in Iran. Biotechnology 2005; 4(2): 139-43.

Kargar M, Askari A, Doosti A, Ghorbani-Dalini S. Loop-Mediated Isothermal Amplification Assay for Rapid Detection of Hepatitis C virus. Indian J Virol 2012; 23(1): 18-23.

Kargar M, Baghernejad M, Doosti A. Compression of three methods of polymerase chain reaction, culture and rapid urease test in diagnosis of Helicobactr pylori in gastric biopsy specimen. Koomesh 2010; 11(3): 198-203. [In Persian].

Swellam M, Mahmoud MS, Ali AA. Diagnosis of hepatitis C virus infection by enzyme-linked immunosorbent assay and reverse transcriptase-nested polymerase chain reaction: a comparative evaluation. IUBMB Life 2011; 63(6): 430-4.

Parida MM. Rapid and real-time detection technologies for emerging viruses of biomedical importance. J Biosci 2008; 33(4): 617-28.

Parida M, Horioke K, Ishida H, Dash PK, Saxena P, Jana AM, et al. Rapid detection and differentiation of dengue virus serotypes by a real-time reverse transcription-loop-mediated isothermal amplification assay. J Clin Microbiol 2005; 43(6): 2895-903.

Mori Y, Nagamine K, Tomita N, Notomi T. Detection of loop-mediated isothermal amplification reaction by turbidity derived from magnesium pyrophosphate formation. Biochem Biophys Res Commun 2001; 289(1): 150-4.

Parida MM, Santhosh SR, Dash PK, Tripathi NK, Saxena P, Ambuj S, et al. Development and evaluation of reverse transcription-loop-mediated isothermal amplification assay for rapid and real-time detection of Japanese encephalitis virus. J Clin Microbiol 2006; 44(11): 4172-8.




Creative Commons Attribution-NonCommercial 4.0

This work is licensed under a Creative Commons Attribution-NonCommercial 4.0 Unported License which allows users to read, copy, distribute and make derivative works for non-commercial purposes from the material, as long as the author of the original work is cited properly.