TY - JOUR ID - 14788 TI - بررسی تأثیر کاهش بعد بر فضای ویژگی‌های توپولوژیک شبکه‌ی ژن ساخته شده از میکروآرایه به منظور پیش‌گویی عود سرطان سینه JO - مجله دانشکده پزشکی اصفهان JA - JIMS LA - fa SN - 1027-7595 AU - مهری دهنوی, علیرضا AU - زند, حامد AU - صحتی, محمدرضا AD - دانشیار، گروه بیوالکتریک، دانشکده‌ی فن‌آوری‌های نوین علوم پزشکی، دانشگاه علوم پزشکی اصفهان، اصفهان، ایران AD - دانشجوی کارشناسی ارشد، گروه بیوالکتریک، دانشکده‌ی فن‌آوری‌های نوین علوم پزشکی و کمیته‌ی تحقیقات دانشجویی، دانشگاه علوم پزشکی اصفهان، اصفهان، ایران AD - استادیار، گروه بیوالکتریک، دانشکده‌ی فن‌آوری‌های نوین علوم پزشکی، دانشگاه علوم پزشکی اصفهان، اصفهان، ایران Y1 - 2015 PY - 2015 VL - 33 IS - 359 SP - 1973 EP - 1985 KW - سرطان سینه؛ بیان ژن KW - ؛ شبکه‌ی ژن؛ توپولوژی DO - N2 - مقدمه: یکی از روش‌های متداول در طبقه‌بندی نمونه‌های سرطانی، استفاده از ویژگی‌های به دست آمده از داده‌ی بیان ژن در میکروآرایه‌های DNA می‌باشد. در این خصوص، با استفاده از ویژگی‌های توپولوژیک شبکه‌ی ژن بازسازی شده از داده‌های بیان ژن، می‌توان با بهره گرفتن از اطلاعات تعامل بین ژن‌ها، به یافته‌های مطمئن‌تری دست یافت. هدف از انجام این مطالعه، پیش‌گویی عود سرطان سینه بر اساس انتخاب ویژگی مبتنی بر ویژگی‌های توپولوژیک، متناظر با شبکه‌ی ارتباطی ژن‌ها بود.روش‌ها: هفت مجموعه داده‌ی بیان ژن میکروآرایه شامل ۱۲۷۱ نمونه مربوط به سرطان سینه در مطالعه‌ی حاضر مورد استفاده قرار گرفت. ابتدا شبکه‌ی ارتباطی ژن‌ها از داده‌های آموزش با اعمال روش انتخاب ویژگی Fisher (‎Fisher discriminant analysis) بر داده‌های ویژگی توپولوژیک این شبکه، ساخته شد. به دلیل این‌که نمی‌توان برای یک نمونه شبکه‌ی ژن ساخت؛ این نمونه به کل داده‌های آموزشی اضافه و دوباره شبکه‌ی ژن ساخته شد. سپس، همبستگی بین بردارهای ویژگی توپولوژیک ژن‌های شاخص در دو شبکه، قبل و بعد از اضافه شدن نمونه‌ی آزمایش محاسبه گردید. در نهایت، نمونه‌ای با همبستگی بیشتر در یک کلاس نسبت به کلاس دیگر، جزء همان کلاس در نظر گرفته شد.یافته‌ها: صحت پیش‌گویی به دست آمده بر اساس ویژگی‌های توپولوژیک مربوط به شبکه‌ی بازسازی شده از داده‌های بیان ژن نسبت به انتخاب ویژگی مستقیم از این داده‌ها بالاتر بود. بیشترین صحت طبقه‌بندی بر اساس ویژگی توپولوژیک توزیع درجه‌ی تمرکز (متوسط 5/98 درصد در داده‌ی آزمایش) به دست آمد.نتیجه‌گیری: استفاده از ساختار توپولوژی شبکه‌ی ژنی، ویژگی‌های پایدارتری را نسبت به کاربرد مستقل مقدار بیان ژن به منظور پیش‌گویی و طبقه‌بندی سرطان فراهم می‌آورد. UR - https://jims.mui.ac.ir/article_14788.html L1 - https://jims.mui.ac.ir/article_14788_0a65e39c156523e1fe998dad52bc4a3b.pdf ER -