تشخیص هم‌زمان عفونت HIV-1 و HCV با استفاده از تکنیک Nucleic acid sequence based amplification

نوع مقاله : مقاله های پژوهشی

نویسندگان

1 دانشجوی دکتری بیوتکنولوژی پزشکی، مرکز تحقیقات بیوتکنولوژی، انستیتو پاستور ایران، تهران، ایران

2 دانشجوی دکتری ویروس‌شناسی پزشکی، گروه میکروب‌شناسی و ایمنی‌شناسی، دانشکده پزشکی، دانشگاه علوم پزشکی اراک، اراک، ایران

3 دانشجوی دکتری پزشکی مولکولی، گروه ژنتیک پزشکی، دانشکده پزشکی، دانشگاه علوم پزشکی همدان، همدان، ایران

چکیده

مقدمه: با توجه به محدودیت‌های برخی از روش‌های سرولوژیک در تشخیص افراد دارای عفونت با ویروس‌های HIV-1 و HCV، استفاده از روش‌های تشخیصی ملکولی در شناسایی این دو عامل اهمیت بسیار زیادی دارد. با این حال اشکال عمده‌ی روش‌های ملکولی هزینه بر بودن آن‌ها و نیاز به وجود دستگاه ترموسایکلرکه گران قیمت است.روش‌ها: این پژوهش به راه‌اندازی و به کارگیری یک روش NASBA (Nucleic acid sequence based amplification) چندگانه جهت تشخیص هم‌زمان ژنوم دو ویروس نقص ایمنی انسانی 1 (Human immunodeficiency virus 1 یا HIV-1) و هپاتیت C (Hepatitis C virus یا HCV) پرداخت که با استفاده از آن می‌توان عفونت منفرد یا هم‌زمان این دو ویروس را در نمونه‌های پلاسما تشخیص داد. حساسیت و ویژگی این روش با استفاده از نمونه‌های بالینی مختلف مورد ارزیابی قرار گرفت.یافته‌ها: بر اساس نتایج به دست آمده مشخص گردید که پرایمرهای مورد استفاده در این روش هیچ گونه واکنش متقاطع با یکدیگر و نیز سایر عوامل احتمالی مداخله کننده در واکنش ندارند. حساسیت آنالیتیک این روش برای هر دو ویروس HIV-1 و HCV معادل 1000 کپی در میلی‌لیتر و حساسیت و ویژگی کلینیکی این روش به ترتیب 90 درصد و 100 درصد بود.نتیجه‌گیری: : با استفاده از روش NASBA چندگانه راه‌اندازی شده می‌توان عفونت هم‌زمان یا منفرد ویروس‌های HIV-1 و HCV را با حساسیت و ویژگی مناسب در نمونه‌های پلاسمای بیماران تشخیص داد. به علت کاربری آسان، چندگانه بودن، و عدم نیاز به دستگاه‌ ترموسایکلر، می‌توان از این روش به صورت مقرون به صرفه و در آزمایشگاه‌هایی با امکانات محدود استفاده نمود.

کلیدواژه‌ها

عنوان مقاله [English]

Simultaneous Diagnosis of HIV-1 and HCV Infections by Nucleic Acid Sequence-Based Amplification

نویسندگان [English]

  • Mahdi Paryan 1
  • Samira Mohammadi-Yeganeh 1
  • Behzad Khansarinejad 2
  • Mahdieh Mondanizadeh 3
1 PhD Student of Medical Biotechnology, Biotechnology Research Center, Pasteur Institute, Tehran, Iran
2 PhD Student of Virology, Department of Microbiology and Immunology, School of Medicine, Arak University of Medical Sciences, Arak, Iran
3 PhD Student of Molecular Medicine, Department of Genetics, School of Medicine, Hamedan University of Medical Sciences, Hamedan, Iran
چکیده [English]

Background: Due to some problems of serological assays in diagnosis of patients infected with HIV-1 and HCV, the use of molecular assay has become widely accepted. However, molecular assays have a major drawback of high cost and dependency to expensive thermocycler instruments.Methods: This research described the development of a multiplex nucleic acid sequence-based amplification (NASBA) assay for the simultaneous or single detection of HIV-1 and HCV genomes in plasma samples. The sensitivity and specificity of this assay has been evaluated using several clinical samples.Findings: The results showed that the primers used in this assay did not have any interactions with each other or with other possible interfering agents. The analytical sensitivity of this assay for both HIV-1 and HCV was calculated as 1000 copies/ml. The clinical sensitivity and specificity of the assay were considered as 90% and 100%, respectively. Conclusion: The developed multiplex NASBA assay can be used for simultaneous or single detection of HIV-1 and HCV viruses with a suitable sensitivity and specificity. Due to easy application, multiplexity, and no need to thermocycler instruments, this assay can be used as a low cost method in laboratories with limited instruments.

کلیدواژه‌ها [English]

  • NASBA
  • HIV-1
  • HCV
  • Multiplex

مراجع

  1. Sierra S, Kupfer B, Kaiser R. Basics of the virology of HIV-1 and its replication. J Clin Virol 2005; 34(4): 233-44.
  2. Lindenbach BD, Rice CM. Unravelling hepatitis C virus replication from genome to function. Nature 2005; 436(7053): 933-8.
  3. Kilmarx PH. Global epidemiology of HIV. Curr Opin HIV AIDS 2009; 4(4): 240-6.
  4. Ma Y, Anantpadma M, Timpe JM, Shanmugam S, Singh SM, Lemon SM, et al. Hepatitis C virus NS2 protein serves as a scaffold for virus assembly by interacting with both structural and nonstructural proteins. J Virol 2011; 85(1): 86-97.
  5. Allain JP. Will genome detection replace serology in blood screening for microbial agents? Baillieres Best Pract Res Clin Haematol 2000; 13(4): 615-29.
  6. Barbara JA, Garson JA. Polymerase chain reaction and transfusion microbiology. Vox Sang 1993; 64(2): 73-81.
  7. Lau LT, Feng XY, Lam TY, Hui HK, Yu AC. Development of multiplex nucleic acid sequence-based amplification for detection of human respiratory tract viruses. J Virol Methods 2010; 168(1-2): 251-4.
  8. Leone G, van SH, van GB, Kramer FR, Schoen CD. Molecular beacon probes combined with amplification by NASBA enable homogeneous, real-time detection of RNA. Nucleic Acids Res 1998; 26(9): 2150-5.
  9. Templeton KE, Scheltinga SA, Beersma MF, Kroes AC, Claas EC. Rapid and sensitive method using multiplex real-time PCR for diagnosis of infections by influenza a and influenza B viruses, respiratory syncytial virus, and parainfluenza viruses 1, 2, 3, and 4. J Clin Microbiol 2004; 42(4): 1564-9.
  10. Schmidt M, Pichl L, Jork C, Hourfar MK, Schottstedt V, Wagner FF, et al. Blood donor screening with cobas s 201/cobas TaqScreen MPX under routine conditions at German Red Cross institutes. Vox Sang 2010; 98(1): 37-46.
  11. Coste J, Reesink HW, Engelfriet CP, Laperche S, Brown S, Busch MP, et al. Implementation of donor screening for infectious agents transmitted by blood by nucleic acid technology: update to 2003. Vox Sang 2005; 88(4): 289-303.
  12. Stramer SL, Glynn SA, Kleinman SH, Strong DM, Caglioti S, Wright DJ, et al. Detection of HIV-1 and HCV infections among antibody-negative blood donors by nucleic acid-amplification testing. N Engl J Med 2004; 351(8): 760-8.
  13. Hourfar MK, Jork C, Schottstedt V, Weber-Schehl M, Brixner V, Busch MP, et al. Experience of German Red Cross blood donor services with nucleic acid testing: results of screening more than 30 million blood donations for human immunodeficiency virus-1, hepatitis C virus, and hepatitis B virus. Transfusion 2008; 48(8): 1558-66.
  14. Jarvis L, Becker J, Tender A, Cleland A, Queiros L, Aquiar A, et al. Evaluation of the Roche cobas s 201 system and cobas TaqScreen multiplex test for blood screening: a European multicenter study. Transfusion 2008; 48(9): 1853-61.
  15. Ohhashi Y, Pai A, Halait H, Ziermann R. Analytical and clinical performance evaluation of the cobas TaqScreen MPX Test for use on the cobas s 201 system. J Virol Methods 2010; 165(2): 246-53.
  16. Compton J. Nucleic acid sequence-based amplification. Nature 1991; 350(6313): 91-2.
  17. Storch GA. Rapid diagnostic tests for influenza. Curr Opin Pediatr 2003; 15(1): 77-84.
  18. Shan S, Ko LS, Collins RA, Wu Z, Chen J, Chan KY, et al. Comparison of nucleic acid-based detection of avian influenza H5N1 with virus isolation. Biochem Biophys Res Commun 2003; 302(2): 377-83.
  19. Jean J, D'Souza DH, Jaykus LA. Multiplex nucleic acid sequence-based amplification for simultaneous detection of several enteric viruses in model ready-to-eat foods. Appl Environ Microbiol 2004; 70(11): 6603-10.
  20. Loens K, Beck T, Ursi D, Overdijk M, Sillekens P, Goossens H, et al. Development of real-time multiplex nucleic acid sequence-based amplification for detection of Mycoplasma pneumoniae, Chlamydophila pneumoniae, and Legionella spp. in respiratory specimens. J Clin Microbiol 2008; 46(1): 185-91.
  21. Ayele W, Baar MP, Goudsmit J, Kliphuis A, Tilahun T, Dorigo-Zetsma W, et al. Surveillance technology for HIV-1 subtype C in Ethiopia: an env-based NASBA molecular beacon assay to discriminate between subcluster C and C'. J Virol Methods. 2005; 130(1-2): 22-9.
  22. Mohlala BK, Tucker TJ, Besser MJ, Williamson C, Yeats J, Smit L, et al. Investigation of HIV in amniotic fluid from HIV-infected pregnant women at full term. J Infect Dis 2005; 192(3): 488-91.
مجله دانشکده پزشکی اصفهان
دوره 29، شماره 172 - شماره پیاپی 172
بهمن و اسفند 1390
صفحه 2865-2874

فایل ها

سابقه مقاله

  • تاریخ دریافت: 25 مرداد 1390
  • تاریخ بازنگری: 12 آبان 1403
  • تاریخ پذیرش: 17 فروردین 1401

هم رسانی

ارجاع به این مقاله

آمار