شناسایی مولکولی گونه‌های Candida در بیماران مبتلا به Candidiasis در بیرجند با استفاده از واکنش زنجیره‌ای پلیمراز و برش آنزیمی

نوع مقاله : مقاله های پژوهشی

نویسندگان

1 دانشجوی کارشناسی ارشد، گروه انگل‌شناسی و قارچ‌شناسی، دانشکده‌ی پزشکی افضلی‌پور، دانشگاه علوم پزشکی کرمان، کرمان، ایران

2 استادیار، گروه انگل‌شناسی و قارچ‌شناسی، دانشکده‌ی پزشکی افضلی‌پور، دانشگاه علوم پزشکی کرمان، کرمان، ایران

3 استادیار، گروه قارچ‌شناسی و انگل‌شناسی پزشکی، بیمارستان قائم (عج)، دانشگاه علوم پزشکی مشهد، مشهد، ایران

4 استاد، گروه بیماری‌های پوست، مرکز تحقیقات لیشمانیوز، دانشگاه علوم پزشکی کرمان، کرمان، ایران

5 مربی، گروه انگل‌شناسی و قارچ‌شناسی، دانشکده‌ی پزشکی افضلی پور، دانشگاه علوم پزشکی کرمان، کرمان، ایران

6 دانشجوی دکتری، گروه انگل‌شناسی و قارچ‌شناسی، دانشکده‌ی پزشکی افضلی‌پور، دانشگاه علوم پزشکی کرمان، کرمان، ایران

چکیده

مقدمه: در سال‌های اخیر، بروز عفونت‌های فرصت طلب قارچی مانند Candidiasis به خصوص در بیماران دچار نقص ایمنی، به طور قابل توجهی افزایش یافته است. شناسایی سریع و دقیق ایزوله‌های Candida جهت درمان‌های ضد قارچی و مدیریت عفونت‌های بیمارستانی مؤثر است. هدف از این مطالعه، شناسایی مولکولی گونه‌های Candida در بیماران مبتلا به Candidiasis در بیماران بستری در بیمارستان ولی‌عصر (عج) بیرجند بود.روش‌ها: 98 جدایه‌ی Candida از 90 بیمار مبتلا به Candidiasis در طول دوره‌ی یک ساله، از آذر 1392 تا آذر 1393 به دست آمد. این جدایه‌ها در محیط کشت Sabouraud Dextrose Agar حاوی کلرامفنیکل در دمای 32 درجه‌ی سانتی‌گراد به مدت 48 ساعت و روی محیط CHROMagar، Candida در دمای 35 درجه‌ی سانتی‌گراد به مدت 48 ساعت برای تولید رنگ خاص هر گونه کشت داده شد. سپس، شناسایی گونه‌های Candida با استفاده از روش PCR-RFLP (Polymerase chain reaction-restriction fragment length polymorphism) با آنزیم‌های محدودالاثر Msp I انجام شد.یافته‌ها: در مجموع، 98 جدایه‌ی Candida از نمونه‌های بالینی مختلف جدا و با روش PCR-RFLP با استفاده از Msp I تعیین گونه شدند. گروه سنی نوزادی تا 10 سال، بیشترین فراوانی ابتلا به Candidiasis را داشتند. در بین نمونه‌های بالینی، بیشترین جدایه‌های Candida از ادرار جدا شد (86/83 درصد). شایع‌ترین جدایه‌ها شامل Candida albicans 41 مورد (84/41 درصد) و پس از آن Candida glabrata 16 مورد (32/16 درصد)، Candida tropicalis 12 مورد (24/12 درصد)، Candida krusei 10 مورد (20/10 درصد)، Candida parapsilosis 8 مورد (16/8 درصد)، Candida lusitaniae 7 مورد (14/7 درصد)، Candida guilliermondii و Candida kefir هر کدام 2 مورد (04/2 درصد) بودند.نتیجه‌گیری: استفاده از روش PCR-RFLP با آنزیم‌های محدود‌الاثر Msp I روشی آسان، سریع و قابل اعتماد برای شناسایی گونه‌های Candida است.

کلیدواژه‌ها

عنوان مقاله [English]

Molecular Identification of Candida Species in Patients with Candidiasis in Birjand, Iran, Using Polymerase Chain Reaction-Restriction Fragment Length Polymorphism (PCR-RFLP) Assay

نویسندگان [English]

  • Toktam Bakhshi 1
  • Samira Salari 2
  • Ali Naseri 3
  • Iraj Esfandiarpour 4
  • Mohammad Ali Mohammadi 5
  • Pooya Ghasemi Nejad Almani 6
1 MSc Student, Department of Medical Parasitology and Mycology, Afzalipour Medical School, Kerman University of Medical Sciences, Kerman, Iran
2 Assistant Professor, Department of Medical Parasitology and Mycology, Afzalipour Medical School, Kerman University of Medical Sciences, Kerman, Iran
3 Assistant Professor, Department of Medical Mycology and Parasitology, Ghaem Hospital, Mashhad University of Medical Sciences, Mashhad, Iran
4 Professor, Department of Dermatology, Leishmaniasis Research Center, Kerman University of Medical Sciences, Kerman, Iran
5 Instructor, Department of Medical Parasitology and Mycology, Afzalipour Medical School, Kerman University of Medical Sciences, Kerman, Iran
6 PhD Student, Department of Medical Parasitology and Mycology, Afzalipour Medical School, Kerman University of Medical Sciences, Kerman, Iran
چکیده [English]

Background: In recent years, the incidence of opportunistic fungal infections such as candidiasis, especially in immunocompromised patients, has considerably increased. Rapid and accurate identification of candida isolates is necessary for effective antifungal therapy and hospital infections management. In this study, polymerase chain reaction (PCR)-based technique using a one-enzyme restriction fragment length polymorphism (RFLP) was used for discrimination of candida species.Methods: 98 yeast strains were obtained from 90 patients with candidiasis during one-year period, from December 2013 to December 2014, in Birjand city, Iran. Clinical samples were cultured on Sabouraud dextrose agar with choramphenicol at 32°C and CHROMagar™ at 35°C for 48 hours to produce species-specific colors. In next stage, identification of Candida species was performed using PCR-RFLP method with the MspI restriction enzyme.Findings: Totally, 98 candida isolates successfully were isolated from different clinical samples and identified via PCR-RFLP method using MspI. The age group of infancy to 10-year-old had the highest prevalence of candidiasis. In clinical samples, most of the Candida isolates were isolated from urine (83.86%). The most commonly identified species were Candida albicans in 41 cases (41.84%), Candida glabrata in 16 case (16.32%), Candida tropicalis in 12 cases (12.24%), Candida krusei in 10 cases (10.2%), Candida parapsilosis in 8 cases (8.08%), Candida Lusitania in 7 cases (7.14%), and Candida kefyr and Candida guilliermondii each one in 2 cases (2.04%).Conclusion: PCR-RFLP assay with restriction enzyme MspI is an easy, rapid, and reliable method for identification of Candida species.

کلیدواژه‌ها [English]

  • Candida species
  • Polymerase chain reaction-restriction fragment length polymorphism (PCR-RFLP)
  • MspI

مراجع

  1. Wingard JR. Importance of Candida species other than C. albicans as pathogens in oncology patients. Clin Infect Dis 1995; 20(1): 115-25.
  2. Calderone RA, Fonzi WA. Virulence factors of Candida albicans. Trends Microbiol 2001; 9(7): 327-35.
  3. Pfaller MA, Diekema DJ. Epidemiology of invasive candidiasis: a persistent public health problem. Clin Microbiol Rev 2007; 20(1): 133-63.
  4. Anaissie EJ, McGinnis MR, Pfaller MA. Clinical mycology. 1st ed. New York, NY: Churchill Livingstone; 2002. p. 195-239.
  5. Goldman GH, da Silva Ferreira ME, dos Reis ME, Savoldi M, Perlin D, Park S, et al. Evaluation of fluconazole resistance mechanisms in Candida albicans clinical isolates from HIV-infected patients in Brazil. Diagn Microbiol Infect Dis 2004; 50(1): 25-32.
  6. Kofla G, Ruhnke M. Development of a new real-time TaqMan PCR assay for quantitative analyses of Candida albicans resistance genes expression. J Microbiol Methods 2007; 68(1): 178-83.
  7. Cirak MY, Kalkanci A, Kustimur S. Use of molecular methods in identification of Candida species and evaluation of fluconazole resistance. Mem Inst Oswaldo Cruz 2003; 98(8): 1027-32.
  8. Allam AA, Salem IM. Evaluation of rapid molecular identification of clinically important candida Spp isolated from immuno-compromised patients using RF-PCR. Journal of American Science 2012; 8(2): 463-8.
  9. Fatahi M, Shokohi T, Hashemi Sooteh TMB, Hedayati MT, Okhovatian A, Tamadoni A, et al. Molecular identification of Candida albicans isolated from the oncology patients at four university hospitals in Mazandaran province (2005-6). J Mazandaran Univ Med Sci 2007; 1761(1): 11. [In Persian].
  10. Mohammadi R, Mirhendi H, Yadegari MH, Shadzi Sh, Jalalizand N. Identification and frequency of Candida species in patients with different forms of candidiasis in Isfahan, using PCR-RFLP method. J Isfahan Med Sch 2011; 29(133): 336-43. [In Persian].
  11. Ayatollahi Mousavi SA, Salari S, Rezaie S, Shahabi Nejad N, Hadizadeh S, Kamyabi H, et al. Identification of Candida species isolated from oral colonization in Iranian HIV-positive patients, by PCR-RFLP method. Jundishapur J Microbiol 2012; 5(1): 336-40.
  12. Salari S, Khosravi AR, Katiraee F, Katiraee F, Ayatollahi Mousavi SA, Shokri H, et al. Evaluation of inhibitory effects of cuminum cyminum oil on the fluconazaole resistant and susceptible Candida albicans isolated from HIV patients in Iran. J Am Sci 2012; 8(5): 54-60.
  13. Shokohi T, Hashemi Soteh MB, Saltanat PZ, Hedayati MT, Mayahi S. Identification of Candida species using PCR-RFLP in cancer patients in Iran. Indian J Med Microbiol 2010; 28(2): 147-51.
  14. Sohrabi H, Sarookhani MR, Ezani A. Identification of Candida species associated with vulvovaginal candidiasis by comparison of new molecular and culture methods in 2013. J Arak Univ Med Sci 2013; 16(8): 46-54. [In Persian].
  15. Skandari A, Mesbah Namin A, Yadeghari M. Identification of important pathogenic yeast candida species in acute candidiasis using PCR. Trauma Mon 2008; 13(02 SP 115-123).
  16. Ghahri M, Mirhendi SH, Yadegari MH, Hajizadeh E, Shidfar MR. Identification of pathogenic yeasts isolated from onychomycosis in Tehran, using polymerase chain reaction and enzymatic digestion. Modares J Med Sci Pathol 2010; 13(1): 79-91. [In Persian].
  17. Fouladi B, Yadegari MH, Rajabibazl M, Fazaeli A, Hashemzadeh Chaleshtori M. Identification of Candida species in patients with vulvovaginitis presenting different clinical symptoms. J Zanjan Univ Med Sci 2015; 23(98): 53-67. [In Persian].
  18. Alinejad M, Nasrollahi OA, Hashemi S. Drug resistance of Candida species isolated from fungal peritonitis by PCR-RFLP method. J Babol Univ Med Sci 2012; 14(64): 53-62. [In Persian].
  19. Solimani P, Salari S, Khalizadeh S, Hassanzad M, Khodavaisy S, Abastabar M, et al. Use of PCR-RFLP and PCR-HWP1 for identification of Candida species isolated from cystic fibrosis patients. Res Mol Med 2014; 2(3): 24-8.
  20. Ayatollahi Mousavi SA, Khalesi E, Shahidi Bonjar GH, Aghighi S, Sharifi SF, Aram F. Rapid molecular diagnosis for Candida species using PCR-RFLP. Biotechnology 2007; 6(4): 583-7.
  21. Mohammadi R, Mirhendi H, Rezaei-Matehkolaei A, Ghahri M, Shidfar MR, Jalalizand N, et al. Molecular identification and distribution profile of Candida species isolated from Iranian patients. Med Mycol 2013; 51(6): 657-63.
  22. EL-Mashad N, Raafat D, Elewa A, Othman W. Polymerase chain reaction-restriction fragment length polymorphism for characterization of Candida species causing onychomycosis. J Adv Med 2012; 1(2): 77-84.
  23. Diba K, Namaki A, Ayatolahi H, Hanifian H. Comparison of biochemical and molecular methods for the identification of Candida species causing vulvovaginal candidiasis and recurring vulvovaginal candidiasis. Iran J Med Microbiol 2014; 9(3): 45-50.
  24. Molaei H, Mirhendi SH, Brandao J, Mirdashti R, Rosado L. Comparison of enzymatic method rapid yeast plus system with RFLP-PCR for identification of isolated yeast from vulvovaginal candidiasis. Iran J Basic Med Sci 2011; 14(5): 443-50.
  25. Fahami S, Kordbacheh P, Moazeni M, Mahmoodi M, Mirhendi H. Species identification and strain typing of candida isolates by PCR-RFLP and RAPD-PCR analysis for determining the probable sources of nosocomial infections. Iran Red Crescent Med J 2010; 12(5): 539-47.
  26. Roudbary M, Roudbarmohammadi Sh, Bakhshi B, Farhadi Z, Nikoomanesh F. Identification of Candida species isolated from Iranian women with vaginal candidiasis by PCR-RFLP method. Eur J Exp Biol 2013; 3(6): 365-9.
  27. Fallahi AA, Korbacheh P, Zaini F, Mirhendi H, Zeraati H, Noorbakhsh F, et al. Candida species in cutaneous candidiasis patients in the Guilan province in Iran; identified by PCR-RFLP method. Acta Med Iran 2013; 51(11): 799-804.
  28. Farasat A, Ghahri M, Mirhendi H, Beiraghi S. Morphological and molecular characteristics of candida pulcherrima, an opportunistic yeast, isolated from nail lesions in Iran. Adv Stud Biol 2012; 4(6): 297-306.
مجله دانشکده پزشکی اصفهان
دوره 33، شماره 359 - شماره پیاپی 359
آذر و دی 1394
صفحه 1986-1993

فایل ها

سابقه مقاله

  • تاریخ دریافت: 27 تیر 1394
  • تاریخ بازنگری: 11 آبان 1403
  • تاریخ پذیرش: 17 فروردین 1401

هم رسانی

ارجاع به این مقاله

آمار