ردیابی ژن‌های gyrB، oprL، ETA و 16SrDNA در سویه‌های Pseudomonas aeruginosa جدا شده از نمونه‌های بالینی مراکز درمانی کرج

نوع مقاله : مقاله های پژوهشی

نویسندگان

1 کارشناس ارشد، گروه میکروبیولوژی، دانشکده‌ی علوم پایه، واحد ساوه، دانشگاه آزاد اسلامی، ساوه، ایران

2 استاد، گروه میکروبیولوژی، دانشکده‌ی دام‌پزشکی، دانشگاه تهران، تهران، ایران

چکیده

مقدمه: Pseudomonas aeruginosa یکی از عوامل مهم عفونت‌های بیمارستانی به ویژه در بیماران مبتلا به نقص سیستم ایمنی و کودکان است. ژن‌های gyrB، oprL، ETA و 16SrDNA جهت تدوین برنامه‌ی پیش‌گیری و مبارزه، ضروری می‌باشند و فراوانی بیشتری نسبت به سایر ژن‌ها دارند. از این رو، مطالعه‌ی حاضر با هدف بررسی این ژن‌ها با استفاده روش Multiplex-PCR (Multiplex-polymerase chain reaction) انجام شد.روش‌ها: در این مطالعه‌ی مقطعی- توصیفی، 55 سویه‌ی Pseudomonas aeruginosa از نمونه‌های بالینی متفاوت جمع‌آوری و بعد از کشت بر روی محیط MacConkey agar و Cetrimide agar و انجام آزمایش‌های بیوشیمیایی تشخیص داده شد. DNA ژنومیک باکتری استخراج شد و توالی‌های هدف مورد نظر با ژن‌های gyrB، oprL، ETA و 16SrDNA تکثیر یافت.یافته‌ها: آزمون مولکولی نشان داد که میزان فراوانی ژن‌های oprL، ETA، gyrB و 16SrDNA به ترتیب 36/96، 50/94، 100 و 100 درصد بود.نتیجه‌گیری: ژن‌های oprL و ETA از حساسیت بیشتر و ویژگی کمتری برای شناسایی Pseudomonas aeruginosa برخوردار است؛ در صورتی که تشخیص این باکتری با استفاده از ژن‌های gyrB و 16SrDNA دارای ویژگی بیشتری است و استفاده‌ی هم‌زمان از ژن‌های gyrB، oprL، ETA و 16SrDNA حساسیت کافی را برای شناسایی Pseudomonas aeruginosa از نمونه‌های بالینی فراهم می‌کند.

کلیدواژه‌ها

عنوان مقاله [English]

Molecular Detection of the Genes gyrB, oprL, ETA, 16SrDNA in Pseudomonas Aeruginosa Strains Isolated from Clinical Samples of Karaj City Health Centers, Iran

نویسندگان [English]

  • Mahsa Ataee-Ashtiani 1
  • Taghi Zahraei-Salehi 2
1 Department of Microbiology, Saveh Branch, Islamic Azad University, Saveh, Iran
2 Professor, Department of Microbiology, School of Vetrinary Medicine, University of Tehran, Tehran, Iran
چکیده [English]

Background: Pseudomonas aeruginosa is one of the most important factors for nosocomial infections, particularly in immunosuppressed patients such as children. Study on the genes gyrB, oprL, ETA, 16SrDNA is essential to develop prevention programs; in this study, we tried to the study these genes in an Iranian population using multiplex-polymerase chain reaction (multiplex PCR) method.Methods: 55 different strains of Pseudomonas aeruginosa from clinical specimens collected from Karaj City Health Centers, Iran, after cultivation on the cetrimid agar and MacConkey agar media were detected via biochemical tests. DNA was extracted from bacterial genomics and the sequencing of target genes gyrB, oprL, ETA, 16SrDNA was amplified.Findings: Molecular test results showed that the frequencies of oprL, ETA, gyrB and 16SrDNA genes were 96.36, 94.50, 100 and 100 percent, respectively.Conclusion: The results show that the genes oprL and ETA are more sensitive and less specific for detecting Pseudomonas aeruginosa; but, using the genes gyrB and 16SrDNA has the most specificity. Simultaneous use of the genes oprL, ETA, 16SrDNA and gyrB would provide enough sensitivity to detect Pseudomonas aeruginosa from clinical specimens.

کلیدواژه‌ها [English]

  • Pseudomonas aeruginosa
  • 16SrDNA
  • Gene

مراجع

  1. Girlich D, Naas T, Leelaporn A, Poirel L, Fennewald M, Nordmann P. Nosocomial spread of the integron-located veb-1-like cassette encoding an extended-pectrum beta-lactamase in Pseudomonas aeruginosa in Thailand. Clin Infect Dis 2002; 34(5): 603-11.
  2. de Vos D, Lim A, Jr., Pirnay JP, Struelens M, Vandenvelde C, Duinslaeger L, et al. Direct detection and identification of Pseudomonas aeruginosa in clinical samples such as skin biopsy specimens and expectorations by multiplex PCR based on two outer membrane lipoprotein genes, oprI and oprL. J Clin Microbiol 1997; 35(6): 1295-9.
  3. Procop GW. Molecular diagnostics for the detection and characterization of microbial pathogens. Clin Infect Dis 2007; 45(Suppl 2): S99-S111.
  4. Armstrong S, Yates SP, Merrill AR. Insight into the catalytic mechanism of Pseudomonas aeruginosa exotoxin A. Studies of toxin interaction with eukaryotic elongation factor-2. J Biol Chem 2002; 277(48): 46669-75.
  5. Hussein SN. Detection of Exo A and OPR I genes in Pseudomonas aeruginosa using polymerase chain reaction. Iraqi J Biotech 2013; 12(1): 44-50.
  6. Amini B, Kamali M, Zarei Mahmod Abadi A, Mortazavi Y, Ebrahim Habibi A, Bayat E, et al. Cloning of catalytic domain of exotoxin A from Pseudomonas aeruginosa. J Zanjan Univ Med Sci 2010; 18(71): 24-33. [In Persian].
  7. Aslani MM, Hahsemipour M, Nikbin VS, Shahcheraghi F, Eidi A, Sharafi Z. PCR identification of Pseudomonas aeruginosa based on two outermembrane lipoprotein oprI, oprL, and exotoxin A gene. Yafteh 2009; 11(2): 21-6. [In Persian].
  8. Najafimosleh M, Rashnotaie S, Ghaznavi Rad E, Abtahi H, Taleie Gh. Designing of the specific DNA primers for detection of the exoA, oprL and algD pathogenicity genes for rapid diagnosis of Pseudomonas aeruginosa. Tehran Univ Med J 2013; 71(8): 493-501. [In Persian].
  9. Nikbin VS, Aslani MM, Sharafi Z, Hashemipour M, Shahcheraghi F, Ebrahimipour GH. Molecular identification and detection of virulence genes among Pseudomonas aeruginosa isolated from different infectious origins. Iran J Microbiol 2012; 4(3): 118-23.
  10. Singh A, Goering RV, Simjee S, Foley SL, Zervos MJ. Application of molecular techniques to the study of hospital infection. Clin Microbiol Rev 2006; 19(3): 512-30.
  11. Salman M, Ali A, Haque A. A novel multiplex PCR for detection of Pseudomonas aeruginosa: A major cause of wound infections. Pak J Med Sci 2013; 29(4): 957-61.
  12. Daikos GL, Lolans VT, Jackson GG. Alterations in outer membrane proteins of Pseudomonas aeruginosa associated with selective resistance to quinolones. Antimicrob Agents Chemother 1988; 32(5): 785-7.
  13. Brooks GF, Butel JS, Morse SA. Jawetz, Melnick, and Adelberg's medical microbiology. 23th ed. New York, NY: McGraw-Hill Medical; 2004. p. 401-7.
  14. Farmer JJ, Herman LG. Pyocin typing of Pseudomonas aeruginosa. J Infect Dis 1974; 130(Suppl): S43-S46.
  15. Tang YW, Stratton ChW. Advanced techniques in diagnostic microbiology. New York, NY: Springer; 2006.
  16. Khan AA, Cerniglia CE. Detection of Pseudomonas aeruginosa from clinical and environmental samples by amplification of the exotoxin A gene using PCR. Appl Environ Microbiol 1994; 60(10): 3739-45.
  17. Xu J, Moore JE, Murphy PG, Millar BC, Elborn JS. Early detection of Pseudomonas aeruginosa--comparison of conventional versus molecular (PCR) detection directly from adult patients with cystic fibrosis (CF). Ann Clin Microbiol Antimicrob 2004; 3: 21.
  18. Yousefi Mashouf R, Esmaeili R, Yousef Alikhani M, Ghanbari M. Evaluation of exotoxin A gene and frequency of polymerase chain reaction sensitivity in detection of pseudomonas aeruginosa isolated from burn patients. Tehran Univ Med J 2014; 72(3): 167-73. [In Persian].
مجله دانشکده پزشکی اصفهان
دوره 33، شماره 360 - شماره پیاپی 360
آذر و دی 1394
صفحه 2043-2048

فایل ها

سابقه مقاله

  • تاریخ دریافت: 04 مرداد 1394
  • تاریخ بازنگری: 12 آبان 1403
  • تاریخ پذیرش: 17 فروردین 1401

هم رسانی

ارجاع به این مقاله

آمار