مجله دانشکده پزشکی اصفهان در برخورد با هرنوع تخلف اخلاقی در ارائه و انتشار دستنوشتهها از قوانین کمیته اخلاق در انتشارات (COPE) تبعیت میکند. همچنین این مجله از دستورالعمل یکسانسازی دستنوشته های ارسالی به مجلات بیومدیکال، راهنمایی کشوری اخلاق در انتشار آثار علوم پزشکی و معاهده تهران، پیروی مینماید. مطالعاتی که بر روی نمونههای انسانی یا حیوانی انجام شدهاند باید با معاهده هلسینکی همخوانی داشته باشند.