ارزیابی تکنیک مولکولی تکثیر هم‌دما به واسطه‌ی حلقه در تشخیص کراتیت‌های آدنوویروس

نوع مقاله : مقاله های پژوهشی

نویسندگان

1 کارشناس ارشد، گروه زیست‌شناسی، دانشگاه آزاد اسلامی، واحد علوم و تحقیقات، تهران، ایران

2 دانشیار، گروه میکروبیولوژی، دانشگاه آزاد اسلامی، واحد شهر قدس، تهران، ایران

چکیده

مقدمه: آدنوویروس‌ها از مهم‌ترین عوامل ایجاد عفونت‌های چشم می‌باشند. شناسایی سریع و به موقع کراتیت آدنوویروسی برای درمان مناسب و جلوگیری از گسترش بیماری از مسایل عمده در تشخیص این ویروس است. روش‌های تشخیص این ویروس دارای محدودیت‌هایی هستند و امکان استفاده از آن‌ها به راحتی و در همه‌ی مراکز تشخیصی وجود ندارد. در این تحقیق با کمک تکنیک مولکولی تکثیر هم‌دما به واسطه‌ی حلقه (LAMP یا Loop mediated isothermal amplification)، این ویروس در بیماران با دقت، سرعت و سهولت بیشتری تشخیص داده شد.روش‌ها: پژوهش حاضر یک مطالعه‌ی توصیفی- مقطعی بود که در سال 1391 بر روی 86 بیمار مشکوک به کراتیت آدنوویروسی مراجعه کننده به بیمارستان فارابی و لبافی‌نژاد تهران انجام شد. DNA نمونه‌های بیماران به روش Boiling و DNG-Plus استخراج شد. پرایمرهای ویژه برای تکنیک LAMP به وسیله‌ی نرم‌افزار Primer explorer نسخه‌ی 4 طراحی گردید. آزمون‌های حساسیت و ویژگی برای تست LAMP انجام شد و سپس بر روی نمونه‌ها بهینه گردید و محصول LAMP به وسیله‌ی اضافه کردن سایبرگرین، بررسی شد.یافته‌ها: تست LAMP بر اساس پلاسمید حاوی کل ژنوم آدنوویروس اپتیمایز گردید. حساسیت تست در حد یک پارتیکل ویروس ارزیابی شد و هیچ واکنش مثبتی با سایر عوامل در تست ویژگی، ایجاد نشد. از 86 نمونه‌ی مشکوک به کراتیت آدنوویروسی، 28 نمونه (32 درصد) در تست مثبت شدند.نتیجه‌گیری: استفاده از تکنیک مولکولی LAMP در این تحقیق برای تشخیص کراتیت آدنوویروسی نشان داد که این تکنیک، دارای حساسیت و دقت بالایی می‌باشد و روشی سریع و قابل اعتماد برای تشخیص عفونت‌هایی مانند کراتیت، که برای درمان رضایت‌بخش نیازمند تشخیص سریع است، می‌باشد.

کلیدواژه‌ها

عنوان مقاله [English]

The Diagnostic Value of a Loop-Mediated Isothermal Amplification (LAMP) Technique for the Detection of Adenovirus Keratitis

نویسندگان [English]

  • Mahdokht Mohamadi 1
  • Mohammad Hassan Shahhosseiny 2
  • Masumeh Takrusta 1
1 Department of Biology, Islamic Azad University, Science and Research Branch, Tehran, Iran
2 Associate Professor, Department of Microbiology, Islamic Azad University, Shahr-e-Qods Branch, Tehran, Iran
چکیده [English]

Background: Adenovirus keratitis is an important ocular infection. Quick and timely detection of adenovirus keratitis can help to prevent the spread of disease. Virus detection methods (serological and molecular) have limitations. We evaluated the diagnostic value of a loop-mediated isothermal amplification (lamp) technique for the detection of adenovirus keratitis.Methods: In this descriptive cross-sectional study, 86 suspected patients to keratitis referred to Farabi and Labbafinejad Hospitals (Tehran, Iran) were enrolled in 2012. DNA samples of patients were extracted using boiling and DNG-Plus. Then, specific primers were designed for LAMP technique. First, sensitivity tests were done and then, optimized for the samples. At the end, LAMP production was examined adding cyber-green.Findings: The LAMP test was optimized regard to extracted DNA from adenovirus. The sensitivity test suggested the sensitivity about one particle per virus and no result was obtained during specification test by any of tested DNA. The results of 28 samples (32%) with specific particle and different titers were positive.Conclusion: Using LAMP technique to diagnose adenovirus showed that isothermal proliferation technique by loop (LAMP) has more sensitivity and precision. In addition, this technique provides a faster and more trusting method for diagnosing infections such as keratitis as an emergency case to be diagnosed and cured.

کلیدواژه‌ها [English]

  • Adenovirus
  • Loop-mediated isothermal amplification (LAMP)
  • Keratitis
  • DNA

مراجع

  1. Aoki K, Tagawa Y. A twenty-one year surveillance of adenoviral conjunctivitis in Sapporo, Japan. Int Ophthalmol Clin 2002; 42(1): 49-54.
  2. Weitgasser U, Haller EM, El-Shabrawi Y. Evaluation of polymerase chain reaction for the detection of adenoviruses in conjunctival swab specimens using degenerate primers in comparison with direct immunofluorescence. Ophthalmologica 2002; 216(5): 329-32.
  3. Jawetz E, Melnick J. Medical Microbiology. New York, NY: McGraw-Hill Medical; 1980.
  4. Van RG, Klepper L, Peperkamp E, Schaap GJ. Immune electron microscopy and a cultural test in the diagnosis of adenovirus ocular infection. Br J Ophthalmol 1982; 66(5): 317-9.
  5. Roberts AW, Whitenack DL, Carter GR. Recovery of adenoviruses and slow herpesviruses from horses having respiratory tract infection. Am J Vet Res 1974; 35(9): 1169-72.
  6. Mori Y, Notomi T. Loop-mediated isothermal amplification (LAMP): a rapid, accurate, and cost-effective diagnostic method for infectious diseases. J Infect Chemother 2009; 15(2): 62-9.
  7. Notomi T, Okayama H, Masubuchi H, Yonekawa T, Watanabe K, Amino N, et al. Loop-mediated isothermal amplification of DNA. Nucleic Acids Res 2000; 28(12): E63.
  8. Parida MM, Santhosh SR, Dash PK, Tripathi NK, Lakshmi V, Mamidi N, et al. Rapid and real-time detection of Chikungunya virus by reverse transcription loop-mediated isothermal amplification assay. J Clin Microbiol 2007; 45(2): 351-7.
  9. Mori Y, Nagamine K, Tomita N, Notomi T. Detection of loop-mediated isothermal amplification reaction by turbidity derived from magnesium pyrophosphate formation. Biochem Biophys Res Commun 2001; 289(1): 150-4.
  10. Nagamine K, Hase T, Notomi T. Accelerated reaction by loop-mediated isothermal amplification using loop primers. Mol Cell Probes 2002; 16(3): 223-9.
  11. Mori Y, Hirano T, Notomi T. Sequence specific visual detection of LAMP reactions by addition of cationic polymers. BMC Biotechnol 2006; 6: 3.
  12. Sohrabi N, Tebianian M, Moeini H. Analyzing bacterial agents of keratoconjunctivitis in patients referred to ophthalmology ward of Feiz hospital in Isfahan. J Fasa Univ Med Sci 2011; 2(1): 37-42. [In Persian].
  13. Kinchington PR, Turse SE, Kowalski RP, Gordon YJ. Use of polymerase chain amplification reaction for the detection of adenoviruses in ocular swab specimens. Invest Ophthalmol Vis Sci 1994; 35(12): 4126-34.
  14. Yoshida A, Nagashima S, Ansai T, Tachibana M, Kato H, Watari H, et al. Loop-mediated isothermal amplification method for rapid detection of the periodontopathic bacteria Porphyromonas gingivalis, Tannerella forsythia, and Treponema denticola. J Clin Microbiol 2005; 43(5): 2418-24.
  15. Aonuma H, Yoshimura A, Perera N, Shinzawa N, Bando H, Oshiro S, et al. Loop-mediated isothermal amplification applied to filarial parasites detection in the mosquito vectors: Dirofilaria immitis as a study model. Parasit Vectors 2009; 2(1): 15.
  16. Reddy AK, Balne PK, Reddy RK, Mathai A, Kaur I. Development and evaluation of loop-mediated isothermal amplification assay for rapid and inexpensive detection of cytomegalovirus DNA in vitreous specimens from suspected cases of viral retinitis. J Clin Microbiol 2010; 48(6): 2050-2.
  17. Bahrami A, Shahhosseiny MH, Azadmanesh K, Noormohamadi Z, Moslemi E, Jadali F. Optimization of Loop-Mediated Isothermal Amplification (LAMP) method for detection of herpes simplex virus type 1 and 2. Sci J Kurdistan Univ Med Sci 2011, 16(1): 56-63. [In Persian].
  18. Esfahani SH, Shahhosseiny MH, Yaghmai P, Parivar K, Moslemi E, Keyvani Amini H. Rapid and simple detection of Hepatitis C virus by reverse transcriptase-loop-mediated isothermal amplification method. African Journal of Microbiology 2010; 4(23): 2580-6.
  19. Kohan L, Shahhosseiny MH, Razavi MR, Parivar K, Moslemi E, Werngren J. Evaluation of loop mediated isothermal amplification for diagnosis of Mycobacterium tuberculosis complex in clinical samples. African Journal of Biothechnology 2011; 10(26): 5096-101.
  20. Moradi A, Karami A, Hagh Nazari A, Ahmadi Z, Soroorizanjani R, Javadi SM. Comparison of the PCR and LAMP techniques in the diagnosis of Salmonella infection. J Zanjan Univ Med Sci 2009; 17(67): 66-77. [In Persian].
  21. Poschl B, Waneesorn J, Thekisoe O, Chutipongvivate S, Karanis P. Comparative diagnosis of malaria infections by microscopy, nested PCR, and LAMP in northern Thailand. Am J Trop Med Hyg 2010; 83(1): 56-60.
مجله دانشکده پزشکی اصفهان
دوره 31، شماره 258 - شماره پیاپی 258
آذر و دی 1392
صفحه 1713-1722

فایل ها

سابقه مقاله

  • تاریخ دریافت: 09 اردیبهشت 1392
  • تاریخ بازنگری: 06 اردیبهشت 1403
  • تاریخ پذیرش: 17 فروردین 1401

هم رسانی

ارجاع به این مقاله

آمار