شناسایی عوامل درماتوفیتوزیس در مشهد با استفاده از روش مولکولی Polymerase Chain Reaction Sequencing (PCR Sequencing)

نوع مقاله : مقاله های پژوهشی

نویسندگان

1 گروه انگل‌شناسی و قارچ‌شناسی، دانشکده‌ی پزشکی، دانشگاه علوم پزشکی مشهد، مشهد، ایران

2 استادیار، مرکز تحقیقات آلرژی، دانشگاه علوم پزشکی مشهد، مشهد، ایران

3 استاد، گروه انگل‌شناسی و قارچ‌شناسی، دانشکده‌ی پزشکی، دانشگاه علوم پزشکی مشهد، مشهد، ایران

4 دانشیار، گروه قارچ‌شناسی پزشکی، دانشکده‌ی پزشکی، دانشگاه علوم پزشکی جندی‌شاپور اهواز، اهواز، ایران

5 دانشیار، گروه انگل‌شناسی و قارچ‌شناسی، دانشکده‌ی پزشکی، دانشگاه علوم پزشکی مشهد، مشهد، ایران

چکیده

مقدمه: درماتوفیت‌ها، گروهی از قارچ‌ها هستند که بافت‌های کراتینه‌ی پوست، مو و ناخن را در انسان و حیوان مورد حمله قرار می‌دهند و عفونت‌هایی تحت عنوان درماتوفیتوزیس (کچلی) ایجاد می‌کنند. از آن جایی که شناسایی قارچ‌های پاتوژن در سطح گونه جهت ردیابی منبع عوامل ایجاد کننده، کنترل و پیش‌گیری و اپیدمیولوژی عفونت حایز اهمیت است، استفاده از روش‌های تشخیصی اختصاصی و حساس برای شناسایی عوامل درماتوفیتوزیس ضروری به نظر می‌رسد.روش‌ها: نمونه‌های بالینی (پوسته، ناخن و مو) مبتلایان به درماتوفیتوزیس در شهر مشهد بر روی محیط کشت مایکوزیل آگار کشت داده شد و سپس، ژنوم کلنی‌های درماتوفیت‌های به دست آمده، توسط کیت مخصوص استخراج گردید. ژن Internal transcribed spacer (ITS) توسط پرایمرهای ITS1 و ITS4، تکثیر و سپس، تعیین توالی آن‌ها انجام شد. در نهایت، نتایج توالی‌ها با نرم‌افزار SeqMan، آنالیز گردید و جواب آن‌ها با موارد موجود در پایگاه داده‌ای قارچی هلند مقایسه شد.یافته‌ها: 80 ایزوله‌ی درماتوفیتی در این مطالعه تعیین توالی شدند که شامل 9 گونه‌ی درماتوفیتی و عبارت از 23 مورد (8/28 درصد) Trichophyton interdigitale، 18 مورد (5/22 درصد) Trichophyton tonsurans، 10 مورد (5/12 درصد) Epidermophyton floccosum، 10 مورد (5/12 درصد) Trichophyton mentagrophytes، 8 مورد (0/10 درصد) Microsporum canis، 4 مورد (0/5 درصد) Trichophyton rubrum ، 4 مورد (0/5 درصد) Arthroderma benhamiae ، 2 مورد (5/2 درصد) Nannizzia fulva و 1 مورد (2/1 درصد) Nannizzia persicolor بودند.نتیجه‌گیری: با توجه به گزارش گونه‌های نادر درماتوفیت در این مطالعه، استفاده از روش‌های مولکولی نظیر تعیین توالی ژن ITS می‌تواند تنوع گونه‌ای درماتوفیت‌ها در یک منطقه را با دقت بیشتری نسبت به روش‌های ریخت‌شناسی (Morphology) تعیین کند.

کلیدواژه‌ها

عنوان مقاله [English]

Identification of Dermatophytosis Agents in Mashhad, Iran, by Using Polymerase Chain Reaction Sequencing (PCR Sequencing) Method

نویسندگان [English]

  • Raheleh Nejati-Hoseini 1
  • Hossein Zarrinfar 2
  • Mahmoud Parian 1
  • Saeid Parham 1
  • Abdolmajid Fata 3
  • Ali Rezaei-Matehkolaei 4
  • Mohammad Javad Najafzadeh 5
1 Department of Parasitology and Mycology, School of Medicine, Mashhad University of Medical Sciences, Mashhad, Iran
2 Assistant Professor, Allergy Research Center, Mashhad University of Medical Sciences, Mashhad, Iran
3 Professor, Department of Parasitology and Mycology, School of Medicine, Mashhad University of Medical Sciences, Mashhad, Iran
4 Associate Professor, Department of Medical Mycology, School of Medicine, Ahvaz Jundishapur University of Medical Sciences, Ahvaz, Iran
5 Associate Professor, Department of Parasitology and Mycology, School of Medicine, Mashhad University of Medical Sciences, Mashhad, Iran
چکیده [English]

Background: Dermatophytes are a group of fungi that attack keratinous tissues of the skin, hair, and nail in humans and animals, and cause infections called dermatophytosis (tinea). Since identification of pathogenic fungi at the species level is essential for the detection of the source, control and prevention, and identifying epidemiology of infection, it is necessary to use specific and sensitive diagnostic methods to identify the causes of dermatophytosis.Methods: The clinical samples (skin, nail, and hair) of patients with dermatophytosis in Mashhad City, Iran, were cultured in Mycosyl Agar culture media, and the DNA of obtained dermatophyte colonies were extracted by specific kit. The internal transcribed spacer (ITS) gene was amplified and sequenced by ITS1, ITS4 primers. Finally, the sequencing results were analyzed using SeqMan software, and were compared with the data of the global genebank.Findings: In this study, 80 dermatophyte isolates were sequenced, which included 9 dermatophyte species as 23 (28.8%) Trichophyton (T.) interdigital, 18 (22.5%) T. tunsorans, 10 (12.5%) Epidermophyton fluccosum, 10 (12.5%) of T. mentagrophytes, 8 (10%) Microsporum canis, 4 (5%) T. rubrum, 4 (5%) T. benhamiae, 2 (2.5%) Nannizzia (N.) fulvum, 1 (1.2%) N. persicolor.Conclusion: According to report the rare species of dermatophytes in this study, the use of molecular methods such as sequencing of the ITS gene can determine the diversity of dermatophytes in a region more precisely than morphological methods.

کلیدواژه‌ها [English]

  • Dermatophytosis
  • DNA sequencing
  • Iran

مراجع

  1. de Hoog GS, Dukik K, Monod M, Packeu A, Stubbe D, Hendrickx M, et al. Toward a novel multilocus phylogenetic taxonomy for the dermatophytes. Mycopathologia 2017; 182(1-2): 5-31.
  2. Rezaei-Matehkolaei A, Mirhendi H, Makimura K, de Hoog GS, Satoh K, Najafzadeh MJ, et al. Nucleotide sequence analysis of beta tubulin gene in a wide range of dermatophytes. Med Mycol 2014; 52(7): 674-88.
  3. Koksal F, Er E, Samasti M. Causative agents of superficial mycoses in Istanbul, Turkey: retrospective study. Mycopathologia 2009; 168(3): 117-23.
  4. Faggi E, Pini G, Campisi E, Bertellini C, Difonzo E, Mancianti F. Application of PCR to distinguish common species of dermatophytes. J Clin Microbiol 2001; 39(9): 3382-5.
  5. Brillowska-Dabrowska A, Saunte DM, Arendrup MC. Five-hour diagnosis of dermatophyte nail infections with specific detection of Trichophyton rubrum. J Clin Microbiol 2007; 45(4): 1200-4.
  6. Liu D, Pearce L, Lilley G, Coloe S, Baird R, Pedersen J. PCR identification of dermatophyte fungi Trichophyton rubrum, T. soudanense and T. gourvilii. J Med Microbiol 2002; 51(2): 117-22.
  7. Magill SS, Manfredi L, Swiderski A, Cohen B, Merz WG. Isolation of Trichophyton violaceum and Trichophyton soudanense in Baltimore, Maryland. J Clin Microbiol 2007; 45(2): 461-5.
  8. Mirhendi H, Makimura K, de Hoog GS, Rezaei-Matehkolaei A, Najafzadeh MJ, Umeda Y, et al. Translation elongation factor 1-alpha gene as a potential taxonomic and identification marker in dermatophytes. Med Mycol 2015; 53(3): 215-24.
  9. Balajee SA, Sigler L, Brandt ME. DNA and the classical way: identification of medically important molds in the 21st century. Med Mycol 2007; 45(6): 475-90.
  10. Kanbe T, Suzuki Y, Kamiya A, Mochizuki T, Fujihiro M, Kikuchi A. PCR-based identification of common dermatophyte species using primer sets specific for the DNA topoisomerase II genes. J Dermatol Sci 2003; 32(2): 151-61.
  11. Iwen PC, Hinrichs SH, Rupp ME. Utilization of the internal transcribed spacer regions as molecular targets to detect and identify human fungal pathogens. Med Mycol 2002; 40(1): 87-109.
  12. Graser Y, Scott J, Summerbell R. The new species concept in dermatophytes-a polyphasic approach. Mycopathologia 2008; 166(5-6): 239-56.
  13. Rezaei-Matehkolaei A, Makimura K, Shidfar M, Zaini F, Eshraghian M, Jalalizand N, et al. Use of Single-enzyme PCR-restriction Digestion Barcode Targeting the Internal Transcribed Spacers (ITS rDNA) to Identify Dermatophyte Species. Iran J Public Health 2012; 41(3): 82-94.
  14. Rezaei-Matehkolaei A, Makimura K, de Hoog GS, Shidfar MR, Satoh K, Najafzadeh MJ, et al. Multilocus differentiation of the related dermatophytes Microsporum canis, Microsporum ferrugineum and Microsporum audouinii. J Med Microbiol 2012; 61(Pt 1): 57-63.
  15. Ninet B, Jan I, Bontems O, Lechenne B, Jousson O, Panizzon R, et al. Identification of dermatophyte species by 28S ribosomal DNA sequencing with a commercial kit. J Clin Microbiol 2003; 41(2): 826-30.
  16. Maraki S, Nioti E, Mantadakis E, Tselentis Y. A 7-year survey of dermatophytoses in Crete, Greece. Mycoses 2007; 50(6): 481-4.
  17. Roque HD, Vieira R, Rato S, Luz-Martins M. Specific primers for rapid detection of Microsporum audouinii by PCR in clinical samples. J Clin Microbiol 2006; 44(12): 4336-41.
  18. Graser Y, Kuijpers AF, Presber W, de Hoog GS. Molecular taxonomy of the Trichophyton rubrum complex. J Clin Microbiol 2000; 38(9): 3329-36.
  19. Rezaei-Matehkolaei A, Makimura K, de Hoog S, Shidfar MR, Zaini F, Eshraghian M, et al. Molecular epidemiology of dermatophytosis in Tehran, Iran, a clinical and microbial survey. Med Mycol 2013; 51(2): 203-7.
  20. Khosravi AR, Aghamirian MR, Mahmoudi M. Dermatophytoses in Iran. Mycoses 1994; 37(1-2): 43-8.
  21. Korstanje MJ, Staats CC. Fungal infections in the Netherlands. Prevailing fungi and pattern of infection. Dermatology 1995; 190(1): 39-42.
  22. Falahati M, Akhlaghi L, Lari AR, Alaghehbandan R. Epidemiology of dermatophytoses in an area south of Tehran, Iran. Mycopathologia 2003; 156(4): 279-87.
  23. Naseri A, Fata A, Najafzadeh MJ, Shokri H. Surveillance of dermatophytosis in northeast of Iran (Mashhad) and review of published studies. Mycopathologia 2013; 176(3-4): 247-53.
  24. Rezaei-Matehkolaei A, Rafiei A, Makimura K, Graser Y, Gharghani M, Sadeghi-Nejad B. Epidemiological Aspects of Dermatophytosis in Khuzestan, southwestern Iran, an Update. Mycopathologia 2016; 181(7-8): 547-53.
  25. Nouripour-Sisakht S, Rezaei-Matehkolaei A, Abastabar M, Najafzadeh MJ, Satoh K, Ahmadi B, et al. Microsporum fulvum, an ignored pathogenic dermatophyte: a new clinical isolation from Iran. Mycopathologia 2013; 176(1-2): 157-60.
  26. Hanumanthappa H, Sarojini K, Shilpashree P, Muddapur SB. Clinicomycological study of 150 cases of dermatophytosis in a tertiary care hospital in South India. Indian J Dermatol 2012; 57(4): 322-3.
  27. Panasiti V, Devirgiliis V, Borroni RG, Mancini M, Curzio M, Rossi M, et al. Epidemiology of dermatophytic infections in Rome, Italy: a retrospective study from 2002 to 2004. Med Mycol 2007; 45(1): 57-60.
  28. Chadeganipour M, Mohammadi R. Causative Agents of Onychomycosis: A 7-Year Study. J Clin Lab Anal 2016; 30(6): 1013-20.
  29. Chadeganipour M, Mohammadi R, Shadzi S. A 10-Year Study of Dermatophytoses in Isfahan, Iran. J Clin Lab Anal 2016; 30(2): 103-7.
  30. Araj GF, Racoubian ES, Daher NK. Etiologic agents of dermatophyte infection in Lebanon. J Med Liban 2004; 52(2): 59-63.
  31. Abanmi A, Bakheshwain S, El Khizzi N, Zouman AR, Hantirah S, Al Harthi F, et al. Characteristics of superficial fungal infections in the Riyadh region of Saudi Arabia. Int J Dermatol 2008; 47(3): 229-35.
  32. Sahin I, Oksuz S, Kaya D, Sencan I, Cetinkaya R. Dermatophytes in the rural area of Duzce, Turkey. Mycoses 2004; 47(11-12): 470-4.
  33. Ayetollahi Mosavi SA, Safizadeh H, Hadizadeh S. Epidemiology of dermatophytosis in patients referred to the medical mycology laboratory of Afzalipoor Faculty of Medicine in Kerman in 2007-2011. Dermatol Cosmet 2012; 3(2): 114-23. [In Persian].
  34. Mahmoudabadi AZ. A study of dermatophytosis in South West of Iran (Ahwaz). Mycopathologia 2005; 160(1): 21-4.
  35. Chadeganipour M, Nilipour S, Ahmadi G. Study of onychomycosis in Isfahan, Iran. Mycoses 2010; 53(2): 153-7.
  36. Mohammadi R, Abastabar M, Mirhendi H, Badali H, Shadzi S, Chadeganipour M, et al. Use of restriction fragment length polymorphism to rapidly identify dermatophyte species related to dermatophytosis. Jundishapur J Microbiol 2015; 8(6): e17296.
  37. Zaini F, Mahmoudi M, Mehbod A, Kordbacheh P, Safara M. Fungal nail infections in Tehran, Iran. Iran J Public Health 2009; 38(3): 46-53.
  38. Omidynia E, Farshchian M, Sadjjadi M, Zamanian A, Rashidpouraei R. A study of dermatophytoses in Hamadan, the governmentship of West Iran. Mycopathologia 1996; 133(1): 9-13.
مجله دانشکده پزشکی اصفهان
دوره 37، شماره 520 - شماره پیاپی 520
فروردین و اردیبهشت 1398
صفحه 256-262

فایل ها

سابقه مقاله

  • تاریخ دریافت: 28 بهمن 1397
  • تاریخ بازنگری: 07 اردیبهشت 1403
  • تاریخ پذیرش: 17 فروردین 1401

هم رسانی

ارجاع به این مقاله

آمار